穿越者——是对所有从现实世界穿越到游戏王世界的决斗者的统一称呼。穿越者的决斗以胜利为目的。使用现实中的主流卡组，能够驾驭决斗怪兽的精灵力量。穿越者穿越到这个世界时，会随机接受所使用的卡组主题世界的考验或者认可，通过之后方可使用该系列卡组（并且受羁绊影响，大概率提升抽到关键卡的几率）。处于某种原因，穿越者集合起来，组成了名为“普罗米修斯”的，以创造属于他们理想世界为目的而使用各种手段的组织。身为穿越者一员的东方游暮，醒来之后，便来到了5DS这个世界。背后灵弗勒德莉丝，给自己发布任务的来历不明系统、记忆的缺陷、普罗米修斯组织。众多谜团围绕在身边，一场一边游历各大决斗世界，一边与普罗米修斯的明争暗斗拉开序幕……
